From 0783c5ee9e50bbe4aab9ca993ad10f955d74fb1d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Chris Magnano Date: Fri, 8 Nov 2019 16:55:49 -0600 Subject: [PATCH 01/15] Initial commit to branch for more integrated script. Added bash script and python script for full graphlet creation pipeline. Also added two additional examples without included graphlets. --- README.md | 6 + data/IL2/pathways/p1e-10.sif | 318 +- data/IL2/pathways/p1e-11.sif | 104 +- data/IL2/pathways/p1e-12.sif | 104 +- data/IL2/pathways/p1e-13.sif | 104 +- data/IL2/pathways/p1e-14.sif | 60 +- data/IL2/pathways/p1e-15.sif | 60 +- data/IL2/pathways/p1e-2.sif | 6684 ++++++++++++------------ data/IL2/pathways/p1e-3.sif | 3752 ++++++------- data/IL2/pathways/p1e-4.sif | 1986 +++---- data/IL2/pathways/p1e-5.sif | 1138 ++-- data/IL2/pathways/p1e-6.sif | 770 +-- data/IL2/pathways/p1e-7.sif | 622 +-- data/IL2/pathways/p1e-8.sif | 536 +- data/IL2/pathways/p1e-9.sif | 418 +- data/IL2/pathways/p2e-10.sif | 318 +- data/IL2/pathways/p2e-11.sif | 176 +- data/IL2/pathways/p2e-12.sif | 104 +- data/IL2/pathways/p2e-13.sif | 104 +- data/IL2/pathways/p2e-14.sif | 80 +- data/IL2/pathways/p2e-15.sif | 60 +- data/IL2/pathways/p2e-2.sif | 7088 ++++++++++++------------- data/IL2/pathways/p2e-3.sif | 4384 ++++++++-------- 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104 +- data/IL2/pathways/p4e-15.sif | 60 +- data/IL2/pathways/p4e-2.sif | 7616 +++++++++++++-------------- data/IL2/pathways/p4e-3.sif | 5270 +++++++++---------- data/IL2/pathways/p4e-4.sif | 2902 +++++------ data/IL2/pathways/p4e-5.sif | 1550 +++--- data/IL2/pathways/p4e-6.sif | 994 ++-- data/IL2/pathways/p4e-7.sif | 622 +-- data/IL2/pathways/p4e-8.sif | 592 +-- data/IL2/pathways/p4e-9.sif | 470 +- data/IL2/pathways/p5e-10.sif | 392 +- data/IL2/pathways/p5e-11.sif | 202 +- data/IL2/pathways/p5e-12.sif | 104 +- data/IL2/pathways/p5e-13.sif | 104 +- data/IL2/pathways/p5e-14.sif | 104 +- data/IL2/pathways/p5e-15.sif | 60 +- data/IL2/pathways/p5e-2.sif | 7662 +++++++++++++-------------- data/IL2/pathways/p5e-3.sif | 5544 ++++++++++---------- data/IL2/pathways/p5e-4.sif | 3200 ++++++------ data/IL2/pathways/p5e-5.sif | 1618 +++--- data/IL2/pathways/p5e-6.sif | 1024 ++-- data/IL2/pathways/p5e-7.sif | 646 +-- data/IL2/pathways/p5e-8.sif | 622 +-- data/IL2/pathways/p5e-9.sif | 470 +- 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data/IL2/pathways/p9e-15.sif | 60 +- data/IL2/pathways/p9e-2.sif | 7814 ++++++++++++++-------------- data/IL2/pathways/p9e-3.sif | 6526 +++++++++++------------ data/IL2/pathways/p9e-4.sif | 3666 ++++++------- data/IL2/pathways/p9e-5.sif | 1914 +++---- data/IL2/pathways/p9e-6.sif | 1116 ++-- data/IL2/pathways/p9e-7.sif | 756 +-- data/IL2/pathways/p9e-8.sif | 622 +-- data/IL2/pathways/p9e-9.sif | 536 +- data/Prolactin/README.md | 6 + data/Prolactin/pathways/p1e-10.sif | 198 + data/Prolactin/pathways/p1e-11.sif | 148 + data/Prolactin/pathways/p1e-12.sif | 121 + data/Prolactin/pathways/p1e-13.sif | 110 + data/Prolactin/pathways/p1e-14.sif | 68 + data/Prolactin/pathways/p1e-15.sif | 60 + data/Prolactin/pathways/p1e-2.sif | 3647 +++++++++++++ data/Prolactin/pathways/p1e-3.sif | 2671 ++++++++++ data/Prolactin/pathways/p1e-4.sif | 1847 +++++++ data/Prolactin/pathways/p1e-5.sif | 1331 +++++ data/Prolactin/pathways/p1e-6.sif | 712 +++ data/Prolactin/pathways/p1e-7.sif | 471 ++ 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scripts/makePGDNet.py create mode 100644 scripts/runPPA.sh create mode 100644 scripts/setupPGD.sh diff --git a/README.md b/README.md index 84a09c7..26fbf1b 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -32,11 +32,17 @@ Arguments: > --verbose If set, will print intermediate status updates. Optional, default = False. ## Example +`scripts/runPPA.sh` runs pathway parameter advising on any set of sif or edgelist networks. +It will attempt to install the pgd library and setup the reactome pathway graphlets automatically. +The following commands will run `runPPA.sh` with the included `Wnt` and `Prolactin` datasets from the `scripts` directory: +> `bash runPPA.sh ../data/Wnt wnt_ranking.txt` +> `bash runPPa.sh ../data/Prolactin prolactin_ranking.txt` `scripts/runNetBoxIL2.sh` runs pathway parameter advising for the precomputed graphlet files for NetBox IL2 pathways using Reactome reference pathways. It must be run from the `scripts` directory. Unzip the Reactome pathway graphlets file `reactomeGraphlets.zip` before running the example script. + ## Graphlet Creation Graphlet decomposition files are created with the [Parallel Graphlet Decomposition library](http://nesreenahmed.com/graphlets/). diff --git a/data/IL2/pathways/p1e-10.sif b/data/IL2/pathways/p1e-10.sif index 7a39bae..de47474 100644 --- a/data/IL2/pathways/p1e-10.sif +++ b/data/IL2/pathways/p1e-10.sif @@ -1,159 +1,159 @@ -1 2 -1 3 -1 6 -1 8 -1 9 -1 10 -1 13 -1 14 -1 16 -1 24 -1 25 -1 26 -1 27 -1 28 -2 3 -2 5 -2 6 -2 8 -2 9 -2 10 -2 11 -2 12 -2 13 -2 14 -2 16 -2 20 -2 21 -2 24 -2 25 -2 26 -2 27 -2 28 -3 6 -3 8 -3 9 -3 10 -3 11 -3 21 -3 22 -3 25 -3 27 -4 9 -4 13 -4 21 -4 24 -4 25 -4 26 -4 28 -5 7 -5 8 -5 9 -5 13 -5 16 -5 20 -5 21 -5 25 -5 26 -5 27 -5 28 -6 8 -6 9 -6 12 -6 14 -6 16 -6 21 -6 24 -6 25 -6 27 -7 10 -7 19 -7 20 -8 9 -8 10 -8 11 -8 12 -8 13 -8 16 -8 24 -8 25 -8 26 -8 27 -8 28 -9 10 -9 11 -9 12 -9 13 -9 16 -9 20 -9 21 -9 22 -9 24 -9 25 -9 26 -9 27 -9 28 -10 12 -10 13 -10 16 -10 19 -10 20 -10 24 -10 25 -10 26 -10 27 -10 28 -11 13 -11 16 -11 21 -11 24 -11 25 -11 26 -11 28 -12 16 -12 19 -12 21 -12 24 -12 25 -13 15 -13 16 -13 17 -13 20 -13 25 -13 26 -13 27 -13 28 -14 15 -14 16 -14 18 -14 19 -14 24 -15 26 -15 19 -15 28 -16 20 -16 21 -16 22 -16 25 -16 26 -16 27 -16 28 -17 26 -19 20 -20 25 -20 26 -20 27 -20 28 -21 22 -21 24 -21 25 -21 27 -23 26 -24 25 -24 27 -25 26 -25 27 -25 28 -26 27 -26 28 -27 28 +IRS2_HUMAN JAK3_HUMAN +JAK3_HUMAN VILI_HUMAN +IL2RG_HUMAN ETS1_HUMAN +AKT1_HUMAN P85A_HUMAN +P85B_HUMAN IRS1_HUMAN +Q14342_HUMAN JAK1_HUMAN +IRS1_HUMAN L7RT18_HUMAN +P85B_HUMAN Q14342_HUMAN +L7RRS6_HUMAN JAK1_HUMAN +SHB_HUMAN IL2RG_HUMAN +P85B_HUMAN SHC1_HUMAN +SHC1_HUMAN CBL_HUMAN +PK3CA_HUMAN IRS2_HUMAN +IRS1_HUMAN PK3CA_HUMAN +STAM1_HUMAN JAK1_HUMAN +SOS1_HUMAN AKT1_HUMAN +IRS2_HUMAN P85A_HUMAN +SHB_HUMAN GAB1_HUMAN +IRS2_HUMAN JAK1_HUMAN +JAK1_HUMAN SHC1_HUMAN +ETS1_HUMAN GCR_HUMAN +PK3CA_HUMAN PK3CG_HUMAN +JAK3_HUMAN JAK1_HUMAN +PK3CA_HUMAN P85B_HUMAN +Q14342_HUMAN A1L4K2_HUMAN +PTN11_HUMAN AKT1_HUMAN +CBL_HUMAN L7RT18_HUMAN +PTN11_HUMAN GAB1_HUMAN +IL2RG_HUMAN JAK1_HUMAN +GAB1_HUMAN PK3CA_HUMAN +JAK3_HUMAN CBL_HUMAN +SOS1_HUMAN P85B_HUMAN +SHC1_HUMAN IL2RG_HUMAN +PTN11_HUMAN SOS1_HUMAN +JAK3_HUMAN IL2RG_HUMAN +CRKL_HUMAN SHC1_HUMAN +GAB1_HUMAN P85B_HUMAN +IRS1_HUMAN IRS2_HUMAN +P85A_HUMAN IRS1_HUMAN +L7RRS6_HUMAN GCR_HUMAN +JAK1_HUMAN SOS1_HUMAN +PK3CA_HUMAN PTN11_HUMAN +IL2RG_HUMAN L7RRS6_HUMAN +IRS2_HUMAN PTN11_HUMAN +CRKL_HUMAN PTN11_HUMAN +PTN11_HUMAN Q14342_HUMAN +STA5B_HUMAN NMI_HUMAN +PTN11_HUMAN IRS1_HUMAN +PK3CG_HUMAN P85B_HUMAN +IL2RG_HUMAN SOS1_HUMAN +JAK3_HUMAN PTN11_HUMAN +L7RRS6_HUMAN HS90A_HUMAN +SHC1_HUMAN A1L4K2_HUMAN +P85A_HUMAN P85B_HUMAN +Q14342_HUMAN PK3CA_HUMAN +IRS1_HUMAN CBL_HUMAN +PK3CA_HUMAN SOS1_HUMAN +GAB1_HUMAN L7RT18_HUMAN +GAB1_HUMAN AKT1_HUMAN +P85A_HUMAN L7RRS6_HUMAN +Q14342_HUMAN IL2RG_HUMAN +IL2RG_HUMAN IRS2_HUMAN +P85A_HUMAN JAK1_HUMAN +JAK3_HUMAN AKT1_HUMAN +CRKL_HUMAN L7RT18_HUMAN +SOS1_HUMAN L7RT18_HUMAN +AKT1_HUMAN HS90A_HUMAN +L7RT18_HUMAN IRS2_HUMAN +IL2RG_HUMAN PK3CA_HUMAN +GAB1_HUMAN CRKL_HUMAN +A1L4K2_HUMAN GCR_HUMAN +CRKL_HUMAN P85A_HUMAN +P85B_HUMAN CBL_HUMAN +SHC1_HUMAN IRS1_HUMAN +CRKL_HUMAN STA5B_HUMAN +SOS1_HUMAN L7RRS6_HUMAN +JAK3_HUMAN ETS1_HUMAN +JAK3_HUMAN IRS1_HUMAN +IL2RG_HUMAN IRS1_HUMAN +CRKL_HUMAN PK3CA_HUMAN +GAB1_HUMAN P85A_HUMAN +STA5B_HUMAN GCR_HUMAN +CBL_HUMAN STA5B_HUMAN +JAK3_HUMAN L7RRS6_HUMAN +HS90A_HUMAN Q14342_HUMAN +CRKL_HUMAN SOS1_HUMAN +IL2RG_HUMAN PTN11_HUMAN +P85A_HUMAN PK3CA_HUMAN +P85B_HUMAN CRKL_HUMAN +STAM1_HUMAN JAK3_HUMAN +A1L4K2_HUMAN P85A_HUMAN +GAB1_HUMAN A1L4K2_HUMAN +SHB_HUMAN L7RT18_HUMAN +P85A_HUMAN Q14342_HUMAN +SHC1_HUMAN PTN11_HUMAN +PTN11_HUMAN L7RRS6_HUMAN +PK3CG_HUMAN GAB1_HUMAN +IRS2_HUMAN SHC1_HUMAN +HS90A_HUMAN GCR_HUMAN +Q14342_HUMAN JAK3_HUMAN +L7RT18_HUMAN P85A_HUMAN +SHB_HUMAN JAK3_HUMAN +IRS1_HUMAN SOS1_HUMAN +JAK1_HUMAN PK3CA_HUMAN +A1L4K2_HUMAN IRS1_HUMAN +SHB_HUMAN PK3CA_HUMAN +Q14342_HUMAN IRS1_HUMAN +PTN11_HUMAN P85A_HUMAN +IL2RG_HUMAN AKT1_HUMAN +GAB1_HUMAN SOS1_HUMAN +SHB_HUMAN P85A_HUMAN +CBL_HUMAN PK3CA_HUMAN +JAK3_HUMAN PK3CA_HUMAN +PTN11_HUMAN CBL_HUMAN +CRKL_HUMAN A1L4K2_HUMAN +STA5B_HUMAN ETS1_HUMAN +L7RRS6_HUMAN Q14342_HUMAN +CRKL_HUMAN CBL_HUMAN +GAB1_HUMAN SHC1_HUMAN +SHC1_HUMAN SOS1_HUMAN +A1L4K2_HUMAN L7RT18_HUMAN +PK3CA_HUMAN L7RRS6_HUMAN +JAK1_HUMAN IRS1_HUMAN +JAK1_HUMAN AKT1_HUMAN +PK3CA_HUMAN A1L4K2_HUMAN +L7RT18_HUMAN PK3CA_HUMAN +SHC1_HUMAN AKT1_HUMAN +IRS1_HUMAN CRKL_HUMAN +L7RT18_HUMAN SHC1_HUMAN +CBL_HUMAN P85A_HUMAN +SHC1_HUMAN L7RRS6_HUMAN +JAK1_HUMAN ETS1_HUMAN +JAK3_HUMAN P85A_HUMAN +SOS1_HUMAN Q14342_HUMAN +IL2RG_HUMAN CBL_HUMAN +IL2RG_HUMAN P85A_HUMAN +PK3CA_HUMAN AKT1_HUMAN +AKT1_HUMAN IRS1_HUMAN +L7RT18_HUMAN STA5B_HUMAN +JAK3_HUMAN SOS1_HUMAN +PTN11_HUMAN A1L4K2_HUMAN +IRS2_HUMAN P85B_HUMAN +PK3CA_HUMAN SHC1_HUMAN +Q14342_HUMAN SHC1_HUMAN +PTN11_HUMAN STA5B_HUMAN +GCR_HUMAN Q14342_HUMAN +GAB1_HUMAN IRS2_HUMAN +PTN11_HUMAN JAK1_HUMAN +Q14342_HUMAN L7RT18_HUMAN +Q14342_HUMAN CBL_HUMAN +JAK3_HUMAN SHC1_HUMAN +JAK1_HUMAN CBL_HUMAN +AKT1_HUMAN L7RRS6_HUMAN +SHC1_HUMAN STA5B_HUMAN +SHB_HUMAN JAK1_HUMAN +P85A_HUMAN SOS1_HUMAN +CBL_HUMAN SOS1_HUMAN +SHC1_HUMAN P85A_HUMAN +PTN11_HUMAN PK3CG_HUMAN diff --git a/data/IL2/pathways/p1e-11.sif b/data/IL2/pathways/p1e-11.sif index eb65e38..7fc5847 100644 --- a/data/IL2/pathways/p1e-11.sif +++ b/data/IL2/pathways/p1e-11.sif @@ -1,52 +1,52 @@ -1 19 -1 11 -1 20 -2 5 -2 9 -2 11 -2 13 -2 15 -2 18 -2 19 -3 13 -3 5 -4 11 -5 7 -5 8 -5 9 -5 10 -5 11 -5 12 -5 13 -5 14 -5 15 -5 18 -6 11 -7 9 -7 18 -7 20 -8 9 -8 11 -8 14 -8 15 -8 17 -8 20 -9 11 -9 13 -9 15 -9 17 -9 20 -10 11 -10 13 -11 12 -11 14 -11 15 -13 15 -13 18 -14 17 -14 15 -15 18 -16 19 -17 20 -18 19 -19 20 +IRS2_HUMAN JAK3_HUMAN +JAK3_HUMAN VILI_HUMAN +P85B_HUMAN Q14342_HUMAN +PK3CA_HUMAN IRS2_HUMAN +SOS1_HUMAN AKT1_HUMAN +ETS1_HUMAN GCR_HUMAN +PK3CA_HUMAN PK3CG_HUMAN +PK3CA_HUMAN P85B_HUMAN +Q14342_HUMAN A1L4K2_HUMAN +JAK3_HUMAN CBL_HUMAN +SOS1_HUMAN P85B_HUMAN +JAK3_HUMAN PK3CA_HUMAN +L7RRS6_HUMAN GCR_HUMAN +STA5B_HUMAN NMI_HUMAN +PK3CG_HUMAN P85B_HUMAN +L7RRS6_HUMAN HS90A_HUMAN +Q14342_HUMAN PK3CA_HUMAN +PK3CA_HUMAN SOS1_HUMAN +JAK3_HUMAN AKT1_HUMAN +AKT1_HUMAN HS90A_HUMAN +A1L4K2_HUMAN GCR_HUMAN +P85B_HUMAN CBL_HUMAN +CRKL_HUMAN STA5B_HUMAN +SOS1_HUMAN L7RRS6_HUMAN +JAK3_HUMAN ETS1_HUMAN +CRKL_HUMAN PK3CA_HUMAN +STA5B_HUMAN GCR_HUMAN +CBL_HUMAN STA5B_HUMAN +JAK3_HUMAN L7RRS6_HUMAN +HS90A_HUMAN Q14342_HUMAN +CRKL_HUMAN SOS1_HUMAN +P85B_HUMAN CRKL_HUMAN +STAM1_HUMAN JAK3_HUMAN +HS90A_HUMAN GCR_HUMAN +Q14342_HUMAN JAK3_HUMAN +SHB_HUMAN JAK3_HUMAN +SHB_HUMAN PK3CA_HUMAN +CBL_HUMAN PK3CA_HUMAN +CRKL_HUMAN A1L4K2_HUMAN +STA5B_HUMAN ETS1_HUMAN +L7RRS6_HUMAN Q14342_HUMAN +CRKL_HUMAN CBL_HUMAN +PK3CA_HUMAN L7RRS6_HUMAN +PK3CA_HUMAN A1L4K2_HUMAN +SOS1_HUMAN Q14342_HUMAN +PK3CA_HUMAN AKT1_HUMAN +JAK3_HUMAN SOS1_HUMAN +IRS2_HUMAN P85B_HUMAN +GCR_HUMAN Q14342_HUMAN +Q14342_HUMAN CBL_HUMAN +AKT1_HUMAN L7RRS6_HUMAN +CBL_HUMAN SOS1_HUMAN diff --git a/data/IL2/pathways/p1e-12.sif b/data/IL2/pathways/p1e-12.sif index eb65e38..7fc5847 100644 --- a/data/IL2/pathways/p1e-12.sif +++ b/data/IL2/pathways/p1e-12.sif @@ -1,52 +1,52 @@ -1 19 -1 11 -1 20 -2 5 -2 9 -2 11 -2 13 -2 15 -2 18 -2 19 -3 13 -3 5 -4 11 -5 7 -5 8 -5 9 -5 10 -5 11 -5 12 -5 13 -5 14 -5 15 -5 18 -6 11 -7 9 -7 18 -7 20 -8 9 -8 11 -8 14 -8 15 -8 17 -8 20 -9 11 -9 13 -9 15 -9 17 -9 20 -10 11 -10 13 -11 12 -11 14 -11 15 -13 15 -13 18 -14 17 -14 15 -15 18 -16 19 -17 20 -18 19 -19 20 +IRS2_HUMAN JAK3_HUMAN +JAK3_HUMAN VILI_HUMAN +P85B_HUMAN Q14342_HUMAN +PK3CA_HUMAN IRS2_HUMAN +SOS1_HUMAN AKT1_HUMAN +ETS1_HUMAN GCR_HUMAN +PK3CA_HUMAN PK3CG_HUMAN +PK3CA_HUMAN P85B_HUMAN +Q14342_HUMAN A1L4K2_HUMAN +JAK3_HUMAN CBL_HUMAN +SOS1_HUMAN P85B_HUMAN +JAK3_HUMAN PK3CA_HUMAN +L7RRS6_HUMAN GCR_HUMAN +STA5B_HUMAN NMI_HUMAN +PK3CG_HUMAN P85B_HUMAN +L7RRS6_HUMAN HS90A_HUMAN +Q14342_HUMAN PK3CA_HUMAN +PK3CA_HUMAN SOS1_HUMAN +JAK3_HUMAN AKT1_HUMAN +AKT1_HUMAN HS90A_HUMAN +A1L4K2_HUMAN GCR_HUMAN +P85B_HUMAN CBL_HUMAN +CRKL_HUMAN STA5B_HUMAN +SOS1_HUMAN L7RRS6_HUMAN +JAK3_HUMAN ETS1_HUMAN +CRKL_HUMAN PK3CA_HUMAN +STA5B_HUMAN GCR_HUMAN +CBL_HUMAN STA5B_HUMAN +JAK3_HUMAN L7RRS6_HUMAN +HS90A_HUMAN Q14342_HUMAN +CRKL_HUMAN SOS1_HUMAN +P85B_HUMAN CRKL_HUMAN +STAM1_HUMAN JAK3_HUMAN +HS90A_HUMAN GCR_HUMAN +Q14342_HUMAN JAK3_HUMAN +SHB_HUMAN JAK3_HUMAN +SHB_HUMAN PK3CA_HUMAN +CBL_HUMAN PK3CA_HUMAN +CRKL_HUMAN A1L4K2_HUMAN +STA5B_HUMAN ETS1_HUMAN +L7RRS6_HUMAN Q14342_HUMAN +CRKL_HUMAN CBL_HUMAN +PK3CA_HUMAN L7RRS6_HUMAN +PK3CA_HUMAN A1L4K2_HUMAN +SOS1_HUMAN Q14342_HUMAN +PK3CA_HUMAN AKT1_HUMAN +JAK3_HUMAN SOS1_HUMAN +IRS2_HUMAN P85B_HUMAN +GCR_HUMAN Q14342_HUMAN +Q14342_HUMAN CBL_HUMAN +AKT1_HUMAN L7RRS6_HUMAN +CBL_HUMAN SOS1_HUMAN diff --git a/data/IL2/pathways/p1e-13.sif b/data/IL2/pathways/p1e-13.sif index eb65e38..7fc5847 100644 --- a/data/IL2/pathways/p1e-13.sif +++ b/data/IL2/pathways/p1e-13.sif @@ -1,52 +1,52 @@ -1 19 -1 11 -1 20 -2 5 -2 9 -2 11 -2 13 -2 15 -2 18 -2 19 -3 13 -3 5 -4 11 -5 7 -5 8 -5 9 -5 10 -5 11 -5 12 -5 13 -5 14 -5 15 -5 18 -6 11 -7 9 -7 18 -7 20 -8 9 -8 11 -8 14 -8 15 -8 17 -8 20 -9 11 -9 13 -9 15 -9 17 -9 20 -10 11 -10 13 -11 12 -11 14 -11 15 -13 15 -13 18 -14 17 -14 15 -15 18 -16 19 -17 20 -18 19 -19 20 +IRS2_HUMAN JAK3_HUMAN +JAK3_HUMAN VILI_HUMAN +P85B_HUMAN Q14342_HUMAN +PK3CA_HUMAN IRS2_HUMAN +SOS1_HUMAN AKT1_HUMAN +ETS1_HUMAN GCR_HUMAN +PK3CA_HUMAN PK3CG_HUMAN +PK3CA_HUMAN P85B_HUMAN +Q14342_HUMAN A1L4K2_HUMAN +JAK3_HUMAN CBL_HUMAN +SOS1_HUMAN P85B_HUMAN +JAK3_HUMAN PK3CA_HUMAN +L7RRS6_HUMAN GCR_HUMAN +STA5B_HUMAN NMI_HUMAN +PK3CG_HUMAN P85B_HUMAN +L7RRS6_HUMAN HS90A_HUMAN +Q14342_HUMAN PK3CA_HUMAN +PK3CA_HUMAN SOS1_HUMAN +JAK3_HUMAN AKT1_HUMAN +AKT1_HUMAN HS90A_HUMAN +A1L4K2_HUMAN GCR_HUMAN +P85B_HUMAN CBL_HUMAN +CRKL_HUMAN STA5B_HUMAN +SOS1_HUMAN L7RRS6_HUMAN +JAK3_HUMAN ETS1_HUMAN +CRKL_HUMAN PK3CA_HUMAN +STA5B_HUMAN GCR_HUMAN +CBL_HUMAN STA5B_HUMAN +JAK3_HUMAN L7RRS6_HUMAN +HS90A_HUMAN 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provided in .sif format. + diff --git a/data/Prolactin/pathways/p1e-10.sif b/data/Prolactin/pathways/p1e-10.sif new file mode 100644 index 0000000..0d8c677 --- /dev/null +++ b/data/Prolactin/pathways/p1e-10.sif @@ -0,0 +1,198 @@ +EPOR_HUMAN STA5B_HUMAN +CISH_HUMAN JAK1_HUMAN +PTN11_HUMAN EGFR_HUMAN +PTN2_HUMAN EGFR_HUMAN +PTN11_HUMAN STA5B_HUMAN +PTN6_HUMAN GAB2_HUMAN +Q8IXP2_HUMAN VAV2_HUMAN +CBL_HUMAN LCK_HUMAN +Q8IXP2_HUMAN STA5B_HUMAN +PTN6_HUMAN JAK3_HUMAN +PTN11_HUMAN LCK_HUMAN +ZAP70_HUMAN PTN6_HUMAN +EPOR_HUMAN STAT1_HUMAN +JAK3_HUMAN PTN11_HUMAN +LCK_HUMAN GAB2_HUMAN +CAMLG_HUMAN EGFR_HUMAN +JAK1_HUMAN SOCS3_HUMAN +SOS1_HUMAN B0LPF3_HUMAN +PTN2_HUMAN STA5A_HUMAN +PTN11_HUMAN STA5A_HUMAN +SOS1_HUMAN EGFR_HUMAN +PTN6_HUMAN EPOR_HUMAN +EGFR_HUMAN CBL_HUMAN +GHR_HUMAN JAK1_HUMAN +CISH_HUMAN IL2RG_HUMAN +B0LPF3_HUMAN IL2RG_HUMAN +Q8IXP2_HUMAN PTN2_HUMAN +NCK1_HUMAN EGFR_HUMAN +EPOR_HUMAN B0LPF3_HUMAN +SOCS3_HUMAN B0LPF3_HUMAN +IRS1_HUMAN CBL_HUMAN +GAB2_HUMAN B0LPF3_HUMAN 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holds pathway and graphlet files from reconstructing the [NetPath Wnt pathway](netpath.org/pathways?path_id=NetPath_8 "NetPath Wnt Pathway") from a 30% sample. + +Pathways were generated using [NetBox](http://sanderlab.org/tools/netbox.html "NetBox Homepage") over a parameter sweep of the `p` parameter and are provided in .sif format. + diff --git a/data/Wnt/pathways/p1e-10.sif b/data/Wnt/pathways/p1e-10.sif new file mode 100644 index 0000000..8f8f0c7 --- /dev/null +++ b/data/Wnt/pathways/p1e-10.sif @@ -0,0 +1,34 @@ +CTNB1_HUMAN PLAK_HUMAN +PP1A_HUMAN A5D8W4_HUMAN +AXIN1_HUMAN CTNB1_HUMAN +AXIN1_HUMAN LRP5_HUMAN +AXIN1_HUMAN FZD1_HUMAN +FZD1_HUMAN LRP6_HUMAN +CTNB1_HUMAN LRP6_HUMAN +ITF2_HUMAN CTNB1_HUMAN +MESDC2 LRP5_HUMAN +KPCA_HUMAN GSK3A_HUMAN +I1W660_HUMAN LRP5_HUMAN +A5D8W4_HUMAN PLAK_HUMAN +AKT1_HUMAN A4D2P1_HUMAN +WNT1_HUMAN WNT3A_HUMAN +AKT1_HUMAN GSK3A_HUMAN +CTNB1_HUMAN FZD1_HUMAN +LRP6_HUMAN AXIN1_HUMAN +ITF2_HUMAN PLAK_HUMAN +LRP6_HUMAN WNT3A_HUMAN +FZD6_HUMAN WNT4_HUMAN 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+APC_HUMAN PLAK_HUMAN +WIF1_HUMAN WNT1_HUMAN +GSK3B_HUMAN A5D8W4_HUMAN +FZD6_HUMAN WNT4_HUMAN +BCL9_HUMAN CTNB1_HUMAN +WNT3A_HUMAN FZD1_HUMAN +APC_HUMAN LRP6_HUMAN +DVL3_HUMAN AXIN1_HUMAN +AXIN1_HUMAN KC1A_HUMAN +DVL1_HUMAN APC_HUMAN +CSK21_HUMAN CTNB1_HUMAN +AXIN1_HUMAN WNT1_HUMAN +PIN1_HUMAN CTNB1_HUMAN +WNT1_HUMAN LRP6_HUMAN +PORCN_HUMAN WNT7B_HUMAN +FZD1_HUMAN WNT1_HUMAN +LRP6_HUMAN WIF1_HUMAN +CTNB1_HUMAN WNT1_HUMAN +KC1A_HUMAN WNT1_HUMAN +GSK3B_HUMAN CTNB1_HUMAN +KC1A_HUMAN GSK3B_HUMAN +PTN14_HUMAN PLAK_HUMAN +DVL3_HUMAN CTNB1_HUMAN +FZD8_HUMAN WNT1_HUMAN +DVL1_HUMAN DVL3_HUMAN +PTN14_HUMAN A5D8W4_HUMAN +FZD1_HUMAN WIF1_HUMAN +AXIN1_HUMAN PLAK_HUMAN +APC_HUMAN GSK3B_HUMAN +WNT1_HUMAN LRP5_HUMAN +A5D8W4_HUMAN CTNB1_HUMAN +I1W660_HUMAN LRP6_HUMAN +PORCN_HUMAN WNT4_HUMAN +CSK21_HUMAN LRP6_HUMAN +SFRP1_HUMAN WNT1_HUMAN +A4D2P1_HUMAN KPCA_HUMAN +AXIN1_HUMAN DVL1_HUMAN +DVL1_HUMAN GSK3B_HUMAN diff --git a/data/Wnt/pathways/p9e-7.sif b/data/Wnt/pathways/p9e-7.sif new file mode 100644 index 0000000..f3fc4d2 --- /dev/null +++ b/data/Wnt/pathways/p9e-7.sif @@ -0,0 +1,59 @@ +CTNB1_HUMAN PLAK_HUMAN +PP1A_HUMAN A5D8W4_HUMAN +AXIN1_HUMAN CTNB1_HUMAN +MACF1_HUMAN WNT1_HUMAN +AXIN1_HUMAN LRP5_HUMAN +WNT1_HUMAN DVL1_HUMAN +AXIN1_HUMAN FZD1_HUMAN +FZD1_HUMAN LRP6_HUMAN +LRP6_HUMAN MACF1_HUMAN +CTNB1_HUMAN LRP6_HUMAN +APC_HUMAN WNT1_HUMAN +ITF2_HUMAN CTNB1_HUMAN +FZD1_HUMAN MACF1_HUMAN +LRP6_HUMAN DVL1_HUMAN +MESDC2 LRP5_HUMAN +KPCA_HUMAN GSK3A_HUMAN +I1W660_HUMAN LRP5_HUMAN +A5D8W4_HUMAN PLAK_HUMAN +PORCN_HUMAN WNT1_HUMAN +FZD1_HUMAN DVL1_HUMAN +AXIN1_HUMAN MACF1_HUMAN +AKT1_HUMAN A4D2P1_HUMAN +APC_HUMAN CTNB1_HUMAN +APC_HUMAN FZD1_HUMAN +APC_HUMAN FZD2_HUMAN +WNT1_HUMAN WNT3A_HUMAN +DVL1_HUMAN A4D2P1_HUMAN +AXIN1_HUMAN APC_HUMAN +DVL1_HUMAN APC_HUMAN +AKT1_HUMAN GSK3A_HUMAN +CTNB1_HUMAN FZD1_HUMAN +LRP6_HUMAN AXIN1_HUMAN +ITF2_HUMAN PLAK_HUMAN +PORCN_HUMAN WNT3A_HUMAN +DVL1_HUMAN CTNB1_HUMAN +LRP6_HUMAN WNT3A_HUMAN +CTNB1_HUMAN MACF1_HUMAN +APC_HUMAN PLAK_HUMAN +FZD6_HUMAN WNT4_HUMAN +BCL9_HUMAN CTNB1_HUMAN +WNT3A_HUMAN FZD1_HUMAN +APC_HUMAN LRP6_HUMAN +DVL3_HUMAN AXIN1_HUMAN +AXIN1_HUMAN WNT1_HUMAN +PIN1_HUMAN CTNB1_HUMAN +WNT1_HUMAN LRP6_HUMAN +PORCN_HUMAN WNT7B_HUMAN +FZD1_HUMAN WNT1_HUMAN +CTNB1_HUMAN WNT1_HUMAN +DVL3_HUMAN CTNB1_HUMAN +DVL1_HUMAN DVL3_HUMAN +AXIN1_HUMAN PLAK_HUMAN +APC_HUMAN MACF1_HUMAN +WNT1_HUMAN LRP5_HUMAN +A5D8W4_HUMAN CTNB1_HUMAN +I1W660_HUMAN LRP6_HUMAN +PORCN_HUMAN WNT4_HUMAN +A4D2P1_HUMAN KPCA_HUMAN +AXIN1_HUMAN DVL1_HUMAN diff --git a/data/Wnt/pathways/p9e-8.sif b/data/Wnt/pathways/p9e-8.sif new file mode 100644 index 0000000..f3fc4d2 --- /dev/null +++ b/data/Wnt/pathways/p9e-8.sif @@ -0,0 +1,59 @@ +CTNB1_HUMAN PLAK_HUMAN +PP1A_HUMAN A5D8W4_HUMAN +AXIN1_HUMAN CTNB1_HUMAN +MACF1_HUMAN WNT1_HUMAN +AXIN1_HUMAN LRP5_HUMAN +WNT1_HUMAN DVL1_HUMAN +AXIN1_HUMAN FZD1_HUMAN +FZD1_HUMAN LRP6_HUMAN +LRP6_HUMAN MACF1_HUMAN +CTNB1_HUMAN LRP6_HUMAN +APC_HUMAN WNT1_HUMAN +ITF2_HUMAN CTNB1_HUMAN +FZD1_HUMAN MACF1_HUMAN +LRP6_HUMAN DVL1_HUMAN +MESDC2 LRP5_HUMAN +KPCA_HUMAN GSK3A_HUMAN +I1W660_HUMAN LRP5_HUMAN +A5D8W4_HUMAN PLAK_HUMAN +PORCN_HUMAN WNT1_HUMAN +FZD1_HUMAN DVL1_HUMAN +AXIN1_HUMAN MACF1_HUMAN +AKT1_HUMAN A4D2P1_HUMAN +APC_HUMAN CTNB1_HUMAN +APC_HUMAN FZD1_HUMAN +APC_HUMAN FZD2_HUMAN +WNT1_HUMAN WNT3A_HUMAN +DVL1_HUMAN A4D2P1_HUMAN +AXIN1_HUMAN APC_HUMAN +DVL1_HUMAN APC_HUMAN +AKT1_HUMAN GSK3A_HUMAN +CTNB1_HUMAN FZD1_HUMAN +LRP6_HUMAN AXIN1_HUMAN +ITF2_HUMAN PLAK_HUMAN +PORCN_HUMAN WNT3A_HUMAN +DVL1_HUMAN CTNB1_HUMAN +LRP6_HUMAN WNT3A_HUMAN +CTNB1_HUMAN MACF1_HUMAN +APC_HUMAN PLAK_HUMAN +FZD6_HUMAN WNT4_HUMAN +BCL9_HUMAN CTNB1_HUMAN +WNT3A_HUMAN FZD1_HUMAN +APC_HUMAN LRP6_HUMAN +DVL3_HUMAN AXIN1_HUMAN +AXIN1_HUMAN WNT1_HUMAN +PIN1_HUMAN CTNB1_HUMAN +WNT1_HUMAN LRP6_HUMAN +PORCN_HUMAN WNT7B_HUMAN +FZD1_HUMAN WNT1_HUMAN +CTNB1_HUMAN WNT1_HUMAN +DVL3_HUMAN CTNB1_HUMAN +DVL1_HUMAN DVL3_HUMAN +AXIN1_HUMAN PLAK_HUMAN +APC_HUMAN MACF1_HUMAN +WNT1_HUMAN LRP5_HUMAN +A5D8W4_HUMAN CTNB1_HUMAN +I1W660_HUMAN LRP6_HUMAN +PORCN_HUMAN WNT4_HUMAN +A4D2P1_HUMAN KPCA_HUMAN +AXIN1_HUMAN DVL1_HUMAN diff --git a/data/Wnt/pathways/p9e-9.sif b/data/Wnt/pathways/p9e-9.sif new file mode 100644 index 0000000..d2ba628 --- /dev/null +++ b/data/Wnt/pathways/p9e-9.sif @@ -0,0 +1,49 @@ +CTNB1_HUMAN PLAK_HUMAN +PP1A_HUMAN A5D8W4_HUMAN +AXIN1_HUMAN CTNB1_HUMAN +AXIN1_HUMAN LRP5_HUMAN +WNT1_HUMAN DVL1_HUMAN +AXIN1_HUMAN FZD1_HUMAN +FZD1_HUMAN LRP6_HUMAN +CTNB1_HUMAN LRP6_HUMAN +APC_HUMAN WNT1_HUMAN +ITF2_HUMAN CTNB1_HUMAN +LRP6_HUMAN DVL1_HUMAN +MESDC2 LRP5_HUMAN +KPCA_HUMAN GSK3A_HUMAN +I1W660_HUMAN LRP5_HUMAN +A5D8W4_HUMAN PLAK_HUMAN +FZD1_HUMAN DVL1_HUMAN +AKT1_HUMAN A4D2P1_HUMAN +APC_HUMAN CTNB1_HUMAN +APC_HUMAN FZD1_HUMAN +APC_HUMAN FZD2_HUMAN +WNT1_HUMAN WNT3A_HUMAN +DVL1_HUMAN A4D2P1_HUMAN +AXIN1_HUMAN APC_HUMAN +AKT1_HUMAN GSK3A_HUMAN +CTNB1_HUMAN FZD1_HUMAN +LRP6_HUMAN AXIN1_HUMAN +ITF2_HUMAN PLAK_HUMAN +DVL1_HUMAN CTNB1_HUMAN +LRP6_HUMAN WNT3A_HUMAN +APC_HUMAN PLAK_HUMAN +FZD6_HUMAN WNT4_HUMAN +BCL9_HUMAN CTNB1_HUMAN +WNT3A_HUMAN FZD1_HUMAN +APC_HUMAN LRP6_HUMAN +DVL3_HUMAN AXIN1_HUMAN +AXIN1_HUMAN WNT1_HUMAN +PIN1_HUMAN CTNB1_HUMAN +WNT1_HUMAN LRP6_HUMAN +FZD1_HUMAN WNT1_HUMAN +CTNB1_HUMAN WNT1_HUMAN +DVL3_HUMAN CTNB1_HUMAN +DVL1_HUMAN DVL3_HUMAN +AXIN1_HUMAN PLAK_HUMAN +DVL1_HUMAN APC_HUMAN +WNT1_HUMAN LRP5_HUMAN +A5D8W4_HUMAN CTNB1_HUMAN +I1W660_HUMAN LRP6_HUMAN +A4D2P1_HUMAN KPCA_HUMAN +AXIN1_HUMAN DVL1_HUMAN diff --git a/scripts/makePGDNet.py b/scripts/makePGDNet.py new file mode 100755 index 0000000..d1380c4 --- /dev/null +++ b/scripts/makePGDNet.py @@ -0,0 +1,47 @@ +import networkx as nx +import sys +import argparse +import os + +""" +Author: Chris Magnano +11/06/19 + +Description: This short script converts networks into a numbered edgelist for use with PGD. +""" +def main(): + #Parse Arguments + parser = argparse.ArgumentParser(description="This script converts a sif or edgelist network file into a format interpretable by the pgd library. Released under the MIT license") + parser.add_argument("networkFile", help="Network sif od edgelist network file to be converted to a format interpretable by pgd. Must be in format readable by networkx.read_edgelist") + parser.add_argument("--delim", help="Node delimiter in network file to be passed to the \"delimiter\" argument in networkx.read_edgelist. Default is none.", default="") + parser.add_argument("--outFile", help="File to store formatted network in. Default is to store the network as NETWORKFILE in a new directory named graphlets.", default="") + args = parser.parse_args() + networkFile = args.networkFile + delim = args.delim + outF = args.outFile + if outF == "": + nameParts = os.path.split(networkFile) + netName = nameParts[1] + outDir = os.path.join(os.path.split(nameParts[0])[0],"graphlets") + if not os.path.isdir(outDir): + os.mkdir(outDir) + outF = os.path.join(outDir,netName) + + #Load Network + if delim == "": + pathway = nx.read_edgelist(networkFile.strip()) + else: + pathway = nx.read_edgelist(networkFile.strip(), delimiter=delim) + pathway = pathway.to_undirected() + if len(pathway) < 4: + print(networkFile, "too short at ",len(pathway)) + return + + #Write Output + nx.write_edgelist(nx.convert_node_labels_to_integers(pathway, first_label=1), outF, delimiter="\t", data=False) + print("Converted "+networkFile+" to "+outF) + return + +main() + + diff --git a/scripts/runNetBoxIL2.sh b/scripts/runNetBoxIL2.sh index 3e143b3..969f78d 100644 --- a/scripts/runNetBoxIL2.sh +++ b/scripts/runNetBoxIL2.sh @@ -1,3 +1,11 @@ -#Example using included IL2 data to run pathway parameter advising and get data +################################################# +# Author: Chris Magnano +# +# 10/29/2019 +# +# Example using included IL2 data to run pathway parameter advising and get data. +# Must be run within scripts directory. +# +################################################# python pathwayParameterAdvising.py --genPathwayGraphlets=../data/IL2/graphletNames.txt --refPathwayGraphlets=../referencePathways/reactomeGraphlets.txt --outFile=il2_ranking.txt --minSize=15 --outputScore --verbose diff --git a/scripts/runPPA.sh b/scripts/runPPA.sh new file mode 100644 index 0000000..09ff1e8 --- /dev/null +++ b/scripts/runPPA.sh @@ -0,0 +1,71 @@ +################################################# +# Author: Chris Magnano +# +# 11/8/19 +# +# This script takes a directory of network files and calculates their ranking +# using pathway parameter advising and reactome pathways as a set of references. +# +# This script assumes it is being run from within the pathway-parameter-advising repository. +# +# Usage: bash runPPA.sh dataDirectory outputFile pgdDirectory fileDelimeter +# dataDirectory: The directory where the networks are stored as sif or edgelist files +# in a subdirectory named 'pathways'. See Wnt and Prolactin for examples. +# outFile: The output filename for the final parameter ranking. +# pgdDirectory: (Optional) The directory where pgd is installed. If none, pgd will be installed +# using the setupPGD.sh script. +# delim: (Optional) The limiter used for edges in the input network files. Assumed to be +# whitespace. +# +################################################# + +dataDir=$1; +outFile=$2; +pgdDir=$3; +delim=$4; + +homeDir=`git rev-parse --show-toplevel`; + +#Unzip reference pathways if needed +if [ -f "${homeDir}/referencePathways/reactome/reactomeGraphlets.zip" ]; +then + unzip ${homeDir}/referencePathways/reactome/reactomeGraphlets.zip -d ${homeDir}/referencePathways/reactome/ + rm ${homeDir}/referencePathways/reactome/reactomeGraphlets.zip +fi + +#Convert networks for PGD +for net in `ls ${dataDir}/pathways/*`; +do + #Convert the file if it doesn't already exist in the graphlets directory + if [ ! -f "${dataDir}/graphlets/${net##*/}" ]; + then + python ${homeDir}/scripts/makePGDNet.py $net --delim=${delim}; + fi; +done; + +#Install PGD if needed +if [ -z "$3" ]; #If no pgd directory provided +then + if [ ! -d "${homeDir}/lib/pgd/" ]; #If pgd isn't in the default directory, install it + then + bash ${homeDir}/scripts/setupPGD.sh; + fi; + pgdDir=${homeDir}/lib/pgd; +fi; + +#Run PGD +for pgdNet in `ls ${dataDir}/graphlets/* | grep -v \'\.gOut$\'`; +do + ${pgdDir}/pgd -f $pgdNet >> ${pgdNet%.*}.gOut; +done; + +#Collect graphletNames into a text file +rm ${dataDir}/graphletNames.txt; +ls ${dataDir}/graphlets/*.gOut >> ${dataDir}/graphletNames.txt; + +rm ${homeDir}/referencePathways/reactomeGraphlets.txt; +ls ${homeDir}/referencePathways/reactome/*.gOut >> ${homeDir}/referencePathways/reactomeGraphlets.txt; + +#Run PPA +python ${homeDir}/scripts/pathwayParameterAdvising.py --genPathwayGraphlets=${dataDir}/graphletNames.txt --refPathwayGraphlets=${homeDir}/referencePathways/reactomeGraphlets.txt --outFile=${outFile} --minSize=15 --outputScore --verbose; + diff --git a/scripts/setupPGD.sh b/scripts/setupPGD.sh new file mode 100644 index 0000000..e398129 --- /dev/null +++ b/scripts/setupPGD.sh @@ -0,0 +1,20 @@ +################################################# +# Author: Chris Magnano +# +# 11/08/2019 +# +# This script attempts to install the pgd library from github +# in the lib directory. The lib directory is made if none exists. +################################################# + +#Get repository directory and set up lib +homeDir=`git rev-parse --show-toplevel`; +mkdir ${homeDir}/lib; +mkdir ${homeDir}/lib/pgd; + +#Get PGD from github and compile it +git clone https://github.com/nkahmed/PGD.git ${homeDir}/lib/pgd/; +make -C ${homeDir}/lib/pgd/; + +#Test run without saving any output +./${homeDir}/lib/pgd/pgd -f ${homeDir}/data/IL2/p5e-2.sif; From 72227afb6e46172285c59db2ab808c1625521ae7 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Chris Magnano Date: Fri, 8 Nov 2019 16:58:02 -0600 Subject: [PATCH 02/15] Updated small Readme typo. --- README.md | 3 +++ 1 file changed, 3 insertions(+) diff --git a/README.md b/README.md index 26fbf1b..56ca976 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -32,10 +32,13 @@ Arguments: > --verbose If set, will print intermediate status updates. Optional, default = False. ## Example + `scripts/runPPA.sh` runs pathway parameter advising on any set of sif or edgelist networks. It will attempt to install the pgd library and setup the reactome pathway graphlets automatically. The following commands will run `runPPA.sh` with the included `Wnt` and `Prolactin` datasets from the `scripts` directory: + > `bash runPPA.sh ../data/Wnt wnt_ranking.txt` +> > `bash runPPa.sh ../data/Prolactin prolactin_ranking.txt` `scripts/runNetBoxIL2.sh` runs pathway parameter advising for the precomputed graphlet files for NetBox IL2 pathways using Reactome reference pathways. From 157b2158c9079f8000156ab6f5b13a1054e71cb0 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Anthony Gitter Date: Sat, 9 Nov 2019 14:33:24 -0600 Subject: [PATCH 03/15] Test whether Travis CI can install PGD --- .travis.yml | 3 ++- 1 file changed, 2 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/.travis.yml b/.travis.yml index 911ebc7..7915c66 100644 --- a/.travis.yml +++ b/.travis.yml @@ -7,7 +7,8 @@ python: cache: - pip install: - - pip install networkx numpy + - pip install networkx numpy + - bash scripts/setupPGD.sh script: - unzip -q referencePathways/reactome/reactomeGraphlets.zip -d referencePathways/reactome - cd scripts From b84bb753fb659985c36d44aa31ca6a0cd8368dd0 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Anthony Gitter Date: Sat, 9 Nov 2019 14:40:59 -0600 Subject: [PATCH 04/15] Modify path --- scripts/setupPGD.sh | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/scripts/setupPGD.sh b/scripts/setupPGD.sh index e398129..5e413c0 100644 --- a/scripts/setupPGD.sh +++ b/scripts/setupPGD.sh @@ -17,4 +17,4 @@ git clone https://github.com/nkahmed/PGD.git ${homeDir}/lib/pgd/; make -C ${homeDir}/lib/pgd/; #Test run without saving any output -./${homeDir}/lib/pgd/pgd -f ${homeDir}/data/IL2/p5e-2.sif; +${homeDir}/lib/pgd/pgd -f ${homeDir}/data/IL2/p5e-2.sif; From b069d34d67d7be922af5dc1196bd3962607cad9d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Anthony Gitter Date: Sat, 9 Nov 2019 15:00:58 -0600 Subject: [PATCH 05/15] Make debugging --- scripts/setupPGD.sh | 3 +++ 1 file changed, 3 insertions(+) diff --git a/scripts/setupPGD.sh b/scripts/setupPGD.sh index 5e413c0..440dec6 100644 --- a/scripts/setupPGD.sh +++ b/scripts/setupPGD.sh @@ -16,5 +16,8 @@ mkdir ${homeDir}/lib/pgd; git clone https://github.com/nkahmed/PGD.git ${homeDir}/lib/pgd/; make -C ${homeDir}/lib/pgd/; +ls -l +ls -l ${homeDir}/lib/pgd/ + #Test run without saving any output ${homeDir}/lib/pgd/pgd -f ${homeDir}/data/IL2/p5e-2.sif; From 9682a63c92a346d3d3bf312e5a48e11abc320798 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Chris Magnano Date: Mon, 11 Nov 2019 13:25:07 -0600 Subject: [PATCH 06/15] Fixed issue with network file format causing pgd to fail. --- scripts/setupPGD.sh | 4 +++- 1 file changed, 3 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/scripts/setupPGD.sh b/scripts/setupPGD.sh index 440dec6..128b10f 100644 --- a/scripts/setupPGD.sh +++ b/scripts/setupPGD.sh @@ -20,4 +20,6 @@ ls -l ls -l ${homeDir}/lib/pgd/ #Test run without saving any output -${homeDir}/lib/pgd/pgd -f ${homeDir}/data/IL2/p5e-2.sif; +python ${homeDir}/scripts/makePGDNet.py ${homeDir}/data/IL2/pathways/p5e-2.sif; +${homeDir}/lib/pgd/pgd -f ${homeDir}/data/IL2/graphlets/p5e-2.sif; +rm ${homeDir}/data/IL2/graphlets/p5e-2.sif; From 87247f5f2b5f244638cd626c35f0b96fdc815b75 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Anthony Gitter Date: Mon, 11 Nov 2019 14:29:08 -0600 Subject: [PATCH 07/15] Remove debugging commands --- scripts/setupPGD.sh | 3 --- 1 file changed, 3 deletions(-) diff --git a/scripts/setupPGD.sh b/scripts/setupPGD.sh index 128b10f..9b70934 100644 --- a/scripts/setupPGD.sh +++ b/scripts/setupPGD.sh @@ -16,9 +16,6 @@ mkdir ${homeDir}/lib/pgd; git clone https://github.com/nkahmed/PGD.git ${homeDir}/lib/pgd/; make -C ${homeDir}/lib/pgd/; -ls -l -ls -l ${homeDir}/lib/pgd/ - #Test run without saving any output python ${homeDir}/scripts/makePGDNet.py ${homeDir}/data/IL2/pathways/p5e-2.sif; ${homeDir}/lib/pgd/pgd -f ${homeDir}/data/IL2/graphlets/p5e-2.sif; From 7ae2d11446446b806da9b7704c0b6bbdccbc2295 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Chris Magnano Date: Wed, 13 Nov 2019 12:23:59 -0600 Subject: [PATCH 08/15] Non-code changes to README files and script help text and error messages. Fixed broken links, added installation description, other small wording changes. --- README.md | 8 +++++--- data/IL2/README.md | 4 ++-- data/Prolactin/README.md | 2 +- data/Wnt/README.md | 2 +- scripts/makePGDNet.py | 2 +- 5 files changed, 10 insertions(+), 8 deletions(-) diff --git a/README.md b/README.md index 56ca976..db65403 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -39,7 +39,7 @@ The following commands will run `runPPA.sh` with the included `Wnt` and `Prolact > `bash runPPA.sh ../data/Wnt wnt_ranking.txt` > -> `bash runPPa.sh ../data/Prolactin prolactin_ranking.txt` +> `bash runPPA.sh ../data/Prolactin prolactin_ranking.txt` `scripts/runNetBoxIL2.sh` runs pathway parameter advising for the precomputed graphlet files for NetBox IL2 pathways using Reactome reference pathways. It must be run from the `scripts` directory. @@ -47,6 +47,8 @@ Unzip the Reactome pathway graphlets file `reactomeGraphlets.zip` before running ## Graphlet Creation - Graphlet decomposition files are created with the [Parallel Graphlet Decomposition library](http://nesreenahmed.com/graphlets/). -Files are the piped output from the pgd script: `./pgd inputGraphFile >> graphletOutputFile.gOut`. +Files are the piped output from the pgd script: `./pgd -f inputGraphFile >> graphletOutputFile.gOut`. + +`scripts/setupPGD.sh` installs the PGD library into the `lib` directory, which is created if none exists. PGD is cloned from its [github repository](https://github.com/nkahmed/pgd) and complied using `make`. It can then be run from the base pathway-parameter-advising directory as `lib/pgd/pgd -f inputGraphFile`. + diff --git a/data/IL2/README.md b/data/IL2/README.md index 5563b17..33180bf 100644 --- a/data/IL2/README.md +++ b/data/IL2/README.md @@ -1,7 +1,7 @@ # IL2 -This directory holds pathway and graphlet files from reconstructing the [NetPath IL2 pathway](netpath.org/pathways?path_id=NetPath_14 "NetPath IL2 Pathway") from a 30% sample. +This directory holds pathway and graphlet files from reconstructing the [NetPath IL2 pathway](http://netpath.org/pathways?path_id=NetPath_14 "NetPath IL2 Pathway") from a 30% sample. Pathways were generated using [NetBox](http://sanderlab.org/tools/netbox.html "NetBox Homepage") over a parameter sweep of the `p` parameter and are provided in .sif format. -Graphlet files are the output from the [Parallel Graphlet Decomposition library](http://nesreenahmed.com/graphlets/). Files are the piped output from the pgd script. \ No newline at end of file +Graphlet files are the output from the [Parallel Graphlet Decomposition library](http://nesreenahmed.com/graphlets/). Files are the piped output from the pgd script. diff --git a/data/Prolactin/README.md b/data/Prolactin/README.md index b23525b..25c8a28 100644 --- a/data/Prolactin/README.md +++ b/data/Prolactin/README.md @@ -1,6 +1,6 @@ # Prolactin -This directory holds pathway and graphlet files from reconstructing the [NetPath Prolactin pathway](netpath.org/pathways?path_id=NetPath_56 "NetPath Prolactin Pathway") from a 30% sample. +This directory holds pathway and graphlet files from reconstructing the [NetPath Prolactin pathway](http://netpath.org/pathways?path_id=NetPath_56 "NetPath Prolactin Pathway") from a 30% sample. Pathways were generated using [NetBox](http://sanderlab.org/tools/netbox.html "NetBox Homepage") over a parameter sweep of the `p` parameter and are provided in .sif format. diff --git a/data/Wnt/README.md b/data/Wnt/README.md index 19e52ef..9278acd 100644 --- a/data/Wnt/README.md +++ b/data/Wnt/README.md @@ -1,6 +1,6 @@ # Wnt -This directory holds pathway and graphlet files from reconstructing the [NetPath Wnt pathway](netpath.org/pathways?path_id=NetPath_8 "NetPath Wnt Pathway") from a 30% sample. +This directory holds pathway and graphlet files from reconstructing the [NetPath Wnt pathway](ihttp://netpath.org/pathways?path_id=NetPath_8 "NetPath Wnt Pathway") from a 30% sample. Pathways were generated using [NetBox](http://sanderlab.org/tools/netbox.html "NetBox Homepage") over a parameter sweep of the `p` parameter and are provided in .sif format. diff --git a/scripts/makePGDNet.py b/scripts/makePGDNet.py index d1380c4..7ff82d6 100755 --- a/scripts/makePGDNet.py +++ b/scripts/makePGDNet.py @@ -12,7 +12,7 @@ def main(): #Parse Arguments parser = argparse.ArgumentParser(description="This script converts a sif or edgelist network file into a format interpretable by the pgd library. Released under the MIT license") - parser.add_argument("networkFile", help="Network sif od edgelist network file to be converted to a format interpretable by pgd. Must be in format readable by networkx.read_edgelist") + parser.add_argument("networkFile", help="Network sif or edgelist network file to be converted to a format interpretable by pgd. Must be in format readable by networkx.read_edgelist") parser.add_argument("--delim", help="Node delimiter in network file to be passed to the \"delimiter\" argument in networkx.read_edgelist. Default is none.", default="") parser.add_argument("--outFile", help="File to store formatted network in. Default is to store the network as NETWORKFILE in a new directory named graphlets.", default="") args = parser.parse_args() From 7c35252371f9a6d7226a5be7f5fc59b7aa1bbb1d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Chris Magnano Date: Wed, 13 Nov 2019 12:29:34 -0600 Subject: [PATCH 09/15] Fixed typo in Wnt README --- data/Wnt/README.md | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/data/Wnt/README.md b/data/Wnt/README.md index 9278acd..ce16265 100644 --- a/data/Wnt/README.md +++ b/data/Wnt/README.md @@ -1,6 +1,6 @@ # Wnt -This directory holds pathway and graphlet files from reconstructing the [NetPath Wnt pathway](ihttp://netpath.org/pathways?path_id=NetPath_8 "NetPath Wnt Pathway") from a 30% sample. +This directory holds pathway and graphlet files from reconstructing the [NetPath Wnt pathway](http://netpath.org/pathways?path_id=NetPath_8 "NetPath Wnt Pathway") from a 30% sample. Pathways were generated using [NetBox](http://sanderlab.org/tools/netbox.html "NetBox Homepage") over a parameter sweep of the `p` parameter and are provided in .sif format. From 2524edf10584686092d37035bc252f070393e2cb Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Chris Magnano Date: Wed, 13 Nov 2019 14:09:51 -0600 Subject: [PATCH 10/15] Changed PGA instillation to grab specific commit. --- scripts/setupPGD.sh | 1 + 1 file changed, 1 insertion(+) diff --git a/scripts/setupPGD.sh b/scripts/setupPGD.sh index 9b70934..de3c5ec 100644 --- a/scripts/setupPGD.sh +++ b/scripts/setupPGD.sh @@ -14,6 +14,7 @@ mkdir ${homeDir}/lib/pgd; #Get PGD from github and compile it git clone https://github.com/nkahmed/PGD.git ${homeDir}/lib/pgd/; +git --git-dir=${homeDir}/lib/pgd/.git checkout 05fef84db271554cc6ff2dbac9964c614e0c7981; make -C ${homeDir}/lib/pgd/; #Test run without saving any output From 1955cfb29de48806a3e596787fb63cb68c49e187 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Magnano Date: Thu, 14 Nov 2019 01:05:58 -0600 Subject: [PATCH 11/15] Made unzipping in runPPA smarter and rm's fail silently, added git dependancy to README, and changed travis to test runPPA.sh instead of the setup script alone. --- .travis.yml | 4 ++-- README.md | 2 +- scripts/runPPA.sh | 7 +++---- 3 files changed, 6 insertions(+), 7 deletions(-) diff --git a/.travis.yml b/.travis.yml index 7915c66..77cb01b 100644 --- a/.travis.yml +++ b/.travis.yml @@ -8,10 +8,10 @@ cache: - pip install: - pip install networkx numpy - - bash scripts/setupPGD.sh script: - - unzip -q referencePathways/reactome/reactomeGraphlets.zip -d referencePathways/reactome - cd scripts + # Installs pgd, uses graph conversion script, and runs PPA + - bash runPPA.sh ../data/Wnt wnt_ranking.txt - bash runNetBoxIL2.sh # Compare the generated IL2 output with the reference output - cmp ../tests/reference/il2_ranking.txt il2_ranking.txt diff --git a/README.md b/README.md index db65403..eebac90 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -5,7 +5,7 @@ Parameter advising for biological pathway creation algorithms. ## Dependencies -Pathway parameter advising was written and tested using Python 3.6 and requires the packages `networkx` and `numpy`. +Pathway parameter advising was written and tested using Python 3.6 and requires the packages `networkx` and `numpy`. The `runPPA.sh` and `setupPGD.sh` scripts require git. ## Usage diff --git a/scripts/runPPA.sh b/scripts/runPPA.sh index 09ff1e8..12b8d3d 100644 --- a/scripts/runPPA.sh +++ b/scripts/runPPA.sh @@ -27,10 +27,9 @@ delim=$4; homeDir=`git rev-parse --show-toplevel`; #Unzip reference pathways if needed -if [ -f "${homeDir}/referencePathways/reactome/reactomeGraphlets.zip" ]; +if [ "`ls ${homeDir}/referencePathways/reactome/*.gOut | wc -l`" -lt 1416 ]; then unzip ${homeDir}/referencePathways/reactome/reactomeGraphlets.zip -d ${homeDir}/referencePathways/reactome/ - rm ${homeDir}/referencePathways/reactome/reactomeGraphlets.zip fi #Convert networks for PGD @@ -60,10 +59,10 @@ do done; #Collect graphletNames into a text file -rm ${dataDir}/graphletNames.txt; +rm -f ${dataDir}/graphletNames.txt; ls ${dataDir}/graphlets/*.gOut >> ${dataDir}/graphletNames.txt; -rm ${homeDir}/referencePathways/reactomeGraphlets.txt; +rm -f ${homeDir}/referencePathways/reactomeGraphlets.txt; ls ${homeDir}/referencePathways/reactome/*.gOut >> ${homeDir}/referencePathways/reactomeGraphlets.txt; #Run PPA From f4ff98231983c438f772a5a77cd33e4b4567ecd2 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Anthony Gitter Date: Thu, 14 Nov 2019 16:57:02 -0600 Subject: [PATCH 12/15] Avoid ls cannot access error when checking Reactome files --- scripts/runPPA.sh | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/scripts/runPPA.sh b/scripts/runPPA.sh index 12b8d3d..9efe08b 100644 --- a/scripts/runPPA.sh +++ b/scripts/runPPA.sh @@ -27,7 +27,7 @@ delim=$4; homeDir=`git rev-parse --show-toplevel`; #Unzip reference pathways if needed -if [ "`ls ${homeDir}/referencePathways/reactome/*.gOut | wc -l`" -lt 1416 ]; +if [[ ! -f "${homeDir}/referencePathways/reactome/R-HSA-109688.gOut" || "`ls ${homeDir}/referencePathways/reactome/*.gOut | wc -l`" -lt 1416 ]]; then unzip ${homeDir}/referencePathways/reactome/reactomeGraphlets.zip -d ${homeDir}/referencePathways/reactome/ fi From 9de51d59269a1e8e7384212e92bdfc978c8f7622 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Anthony Gitter Date: Thu, 14 Nov 2019 16:58:18 -0600 Subject: [PATCH 13/15] Quiet unzip --- scripts/runPPA.sh | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/scripts/runPPA.sh b/scripts/runPPA.sh index 9efe08b..e598dbd 100644 --- a/scripts/runPPA.sh +++ b/scripts/runPPA.sh @@ -29,7 +29,7 @@ homeDir=`git rev-parse --show-toplevel`; #Unzip reference pathways if needed if [[ ! -f "${homeDir}/referencePathways/reactome/R-HSA-109688.gOut" || "`ls ${homeDir}/referencePathways/reactome/*.gOut | wc -l`" -lt 1416 ]]; then - unzip ${homeDir}/referencePathways/reactome/reactomeGraphlets.zip -d ${homeDir}/referencePathways/reactome/ + unzip -q ${homeDir}/referencePathways/reactome/reactomeGraphlets.zip -d ${homeDir}/referencePathways/reactome/ fi #Convert networks for PGD From 0009d1754a723528dd49009b9145b36326af2e1f Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Anthony Gitter Date: Thu, 14 Nov 2019 17:07:55 -0600 Subject: [PATCH 14/15] Add readme note about Linux --- README.md | 9 ++++++--- 1 file changed, 6 insertions(+), 3 deletions(-) diff --git a/README.md b/README.md index eebac90..8a34e4e 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -5,7 +5,9 @@ Parameter advising for biological pathway creation algorithms. ## Dependencies -Pathway parameter advising was written and tested using Python 3.6 and requires the packages `networkx` and `numpy`. The `runPPA.sh` and `setupPGD.sh` scripts require git. +Pathway parameter advising was written and tested using Python 3.6 and requires the packages `networkx` and `numpy`. +The `runPPA.sh` and `setupPGD.sh` scripts require git. +These scripts have only been tested in a Linux environment initially. ## Usage @@ -50,5 +52,6 @@ Unzip the Reactome pathway graphlets file `reactomeGraphlets.zip` before running Graphlet decomposition files are created with the [Parallel Graphlet Decomposition library](http://nesreenahmed.com/graphlets/). Files are the piped output from the pgd script: `./pgd -f inputGraphFile >> graphletOutputFile.gOut`. -`scripts/setupPGD.sh` installs the PGD library into the `lib` directory, which is created if none exists. PGD is cloned from its [github repository](https://github.com/nkahmed/pgd) and complied using `make`. It can then be run from the base pathway-parameter-advising directory as `lib/pgd/pgd -f inputGraphFile`. - +`scripts/setupPGD.sh` installs the PGD library into the `lib` directory, which is created if none exists. +PGD is cloned from its [github repository](https://github.com/nkahmed/pgd) and complied using `make`. +It can then be run from the base pathway-parameter-advising directory as `lib/pgd/pgd -f inputGraphFile`. From 7f43b8ebc18582f93e431055e57c555e1ef2f22c Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Magnano Date: Fri, 15 Nov 2019 12:21:09 -0600 Subject: [PATCH 15/15] Added help text changes to makePGDNet.py, which were lost in previous commit. --- scripts/makePGDNet.py | 8 ++++---- 1 file changed, 4 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/scripts/makePGDNet.py b/scripts/makePGDNet.py index 7ff82d6..48d7dd7 100755 --- a/scripts/makePGDNet.py +++ b/scripts/makePGDNet.py @@ -11,9 +11,9 @@ """ def main(): #Parse Arguments - parser = argparse.ArgumentParser(description="This script converts a sif or edgelist network file into a format interpretable by the pgd library. Released under the MIT license") - parser.add_argument("networkFile", help="Network sif or edgelist network file to be converted to a format interpretable by pgd. Must be in format readable by networkx.read_edgelist") - parser.add_argument("--delim", help="Node delimiter in network file to be passed to the \"delimiter\" argument in networkx.read_edgelist. Default is none.", default="") + parser = argparse.ArgumentParser(description="This script converts a sif or edgelist network file into a format interpretable by the pgd library. The network will be converted to be undirected and have sequential integer node names. Released under the MIT license") + parser.add_argument("networkFile", help="Network sif or edgelist network file to be converted to a format interpretable by pgd. Must be in format readable by networkx.read_edgelist and have at least 4 nodes.") + parser.add_argument("--delim", help="Node delimiter in network file to be passed to the \"delimiter\" argument in networkx.read_edgelist. Default is none, which will use the default whitespace delimeter in networkx.read_edgelist.", default="") parser.add_argument("--outFile", help="File to store formatted network in. Default is to store the network as NETWORKFILE in a new directory named graphlets.", default="") args = parser.parse_args() networkFile = args.networkFile @@ -34,7 +34,7 @@ def main(): pathway = nx.read_edgelist(networkFile.strip(), delimiter=delim) pathway = pathway.to_undirected() if len(pathway) < 4: - print(networkFile, "too short at ",len(pathway)) + print(networkFile, "too short at ",len(pathway),". Network must contain at least 4 nodes.") return #Write Output